铁心桥水科学与水工程综合实验基地（铁心桥基地）地处南京市南郊风景秀丽的秦淮新河两岸，离院本部约15公里。北区水利部南京南京水利水文自动化研究所位于铁心桥街95号，南区试验研究基地位于雨花台区宁水路1号。南区实验研究基地始建于1983年，占地面积420亩。