铁心桥水科学与水工程综合实验基地（铁心桥基地）地处南京市南郊风景秀丽的秦淮新河两岸，离院本部约15公里。北区水利部南京南京水利水文自动化研究所位于铁心桥街95号，南区试验研究基地位于雨花台区宁水路1号。南区试验研究基地始建于1983年，占地面积420亩。经过40多年的建设，基地已建成大型试验厅室35座，总建筑面积约13万m²，配置有各类先进的科研仪器设备，具有国际一流的物理模型试验条件，成为我国水利、交通、能源事业基础理论、科技开发研究以及国内外重大工程技术论证的重要基地。是水灾害防御全国重点实验室、水利部水旱灾害防御及水库大坝安全重点实验室、港口航道泥沙工程及通航建筑物建设技术交通行业重点实验室、国家能源水电工程安全与环境技术研发中心、水利部水文水资源及水工新材料工程技术研究中心的重要组成部分。